Il primo strumento costruito per il Duomo Nuovo fu realizzato nel 1750 del celebre organaro don Cesare Bolognini di Lumezzane, che venne successivamente ampliato dal pavese Antonio Amati nel 1837. Pochi anni più tardi si avvertì la necessità, sotto pressione dell’organista titolare Benedetto Marchi, di realizzare un nuovo strumento, poichè il vecchio era ormai inutilizzabile. Dopo aver rifiutato il costoso progetto di Angelo Amati, venne accettato quello di Giovanni Tonoli che propose uno strumento di una tastiera di 69 note (Do-1 - Do6) con prima ottava corta, quarantaquattro registri, che integrasse le parti servibili del precedente organo, al prezzo di £8.000 austriache.

La volontà del Tonoli di dotare la Cattedrale di uno strumento degno del prestigio del luogo, oltre che per scopo pubblicitario verso la sua ditta, portarono il Tonoli a realizzare tra il 1853 e 1855 uno strumento di mole maggiore di quanto richiesto, infatti oltre a realizzare ex novo tutte le componenti dello strumento, estese la tastiera a 73 note (Do-1 - Do6), portò i contrabbassi a 17’ e realizzò un nuovissimo ed innovativo sistema di manticeria a doppia alimentazione, il quale consentì l’intorodizione di due ance a vento forte, la Tromba a Squillo 16’ Soprana e il Bombardone ai pedali, quest’ultimo si tratta del primo registro al pedale ad alta pressione mai realizzato in italia.

L’idea di introdurre nello strumento della Cattedrale una Tromba ad alta pressione, che sarà in seguito tanto cara alla produzione tonolliana, è sicuramente frutto di una rielaborazione ed evoluzione della Tromba a Squillo 8’ tergale costruita dai F.lli Serassi per l’Organo della Basilica di Santa Maria delle Grazie in Brescia nel 1845. La differenza sostanziale fra le due, oltre alla tessitura (8’ quella serassiana, 16’ quella tonolliana), è che quella realizzata dai Serassi è posta su un somiere secondario e necessita di una manticeria dedicata per la sua alimentazione, mentre quella del Tonoli è collocata sul somiere maggiore, quest’ultimo a doppia secreta, non necessita quindi, anche grazie alla nuova manticeria, di mantici e levamantici suppletivi. L’idea dei registri a diverse pressioni verra poi ripresa dai pavesi Lingiardi per i loro “Organo - Orchestra” costruiti in soli 15 esemplari tra il 1861 e il 1897, tuttavia questi ultimi utilizzeranno un sistema trasmissivo classico.

Lo strumento fu collaudato il 10 giugno 1856 dal Maestro Vincenzo Petrali, il quale scrisse:

“... L’istrumento è in una parola oltre ogni dire degno di lode e corrisponde pienamente a qualunque esigenza del più scrupoloso suonatore. Ecco quanto ho io l'onore di attestare questa Veneranda Fabbriceria a giustizia di quanto fare il Fabbricante Tonoli in quest'opera, ed a incoraggiamento al Tonoli di progredire in questa difficile arte che sarà ne ho piena fiducia di vantaggio per la società e d’onore alla patria.

Gradisca i sensi della più profonda stima mentre mi dico

L'umilissimo Servo
Vincenzo Petrali”

Lo stesso Petrali venne poco dopo nominato Maestro di Cappella del Duomo, incarico che mantenne fino al 1860.

Dopo questa realizzazzione al Tonoli venne additata giustamente la fama di grande organaro, che gli diede grande visibilità e predominio assoluto, non solo sulla città di Brescia, ma anche sul territorio provinciale e diocesano, che fino a quel momento si spartivano principalmente Serassi, Bossi, Amati e Cadei. Il 1855 quindi, fece letteralmente da spartiacque per la storia organaria bresciana.

Nel 1879 lo strumento venne danneggiato dalla pioggia, e quindi il Tonoli fu chiamato ad eseguire una revisione generale, nell’occasione aggiunse l’Organo Eco che venne collaudato dall’organista titolare Roberto Remondi. Lo strumento si presentava quindi sotto questa forma:

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